Государственный заповедник "Большая Кокшага" создан 14 марта 1993г. постановлением правительства РФ № 220 для охраны лесных экосистем на границе южно-таежных и широколиственных лесов. До этого на территории Марий Эл был другой заповедник - Марийский, полностью выгоревший в жаркое сухое лето 1972г.
Заповедник расположен на территории двух административных районов Республики Марий Эл - Килемарского и Медведевского, в 40 км к западу от Йошкар-Олы. Общая площадь составляет 22 тыс. 554 га, охранная – 12 тыс. 300 га.
Территория заповедника представлена речными долинами и озерно-ледниковыми равнинами. Основными ландшафтами заповедника являются равнины, покрытые в сосняками и березняками. На возвышенных участках - дюнах - произрастают сосняки лишайниковые, по пологим склонам дюн и на большинстве участков с ровным рельефом располагаются сосняки мшистые. На пониженных участках с близким залеганием грунтовых вод распространены сосняки черничные и долгомошные. Междюнные западины покрыты, в основном, сосняками сфагновыми различных подтипов, образуя верховые болота.
Берёзовые леса, занимающие второе место по площади после сосняков, возникли на территориях, пройденных пожарами или вырубках, и являются по происхождению вторичными. Еловые леса малопредставительны. Они расположены в северной части заповедника, в основном, в долинах рек. Древостой в ельниках содержит значительную примесь лиственных пород (осина, липа, берёза), реже встречаются чистые ельники с единичной примесью пихтой. Доля осиновых насаждений в заповеднике очень мала.
Пойменные урочища, вдоль р. Б. Кокшага представлены дубово-липовыми насаждениями, а вдоль малых рек и ручьёв - пушисто-берёзовыми или черноольховыми с небольшой примесью ели. В обширных понижениях рельефа на водоразделах и в притеррасной части поймы р. Б. Кокшага распространены болота переходного типа, покрытые также пушисто-березняками и черноольшанниками. Небольшие площади поймы заняты заливными лугами.
Фауна заповедника типично лесная. Многочисленны лось, заяц-беляк, белка, обитает кабан. Из хищных млекопитающих - лесная куница, лесной хорь, горностай, встречаются бурый медведь, волк. Из птиц обычны глухарь, тетерев. Гнездятся серый журавль, серая цапля, а также филин, тетеревятник и перепелятник. Отмечены черный аист, змееяд, сапсан, скопа. В водоемах водятся щука, речной окунь, плотва, синец, карась, линь и другие виды рыб.
3 марта 2009г. правительство Забайкальского края приняло постановление «Об образовании национального парка «Чикой» в Красночикойском районе Забайкальского края».
Как сообщает пресс-служба Министерства природных ресурсов и экологии РФ, об этом заявил глава ведомства Юрий Трутнев, выступая в Хельсинки на конференции заинтересованных сторон, посвященной Плану действий по Балтийскому морю ХЕЛКОМ.